L'inclusion du Haut-Karabagh dans l'Azerbaïdjan soviétique légalisa l'annexion des territoires de l'Arménie historique. Pour la population, cette mesure se traduisit par l'établissement d'un régime de discrimination visant à une « déportation pacifique » des Arméniens hors de leurs terres ancestrales. Une politique d'élimination fut appliquée à pratiquement toutes les sphères de la vie économique, sociale et politique de la Région autonome du Haut-Karabagh (RAHK).

Le système économique soviétique, qui reposait sur la gestion et la planification centralisée eut des conséquences profondes sur l'économie du Haut-Karabagh. Sa structure dépendait de la demande de l'URSS et des républiques soviétiques plutôt que des intérêts de la région elle-même. Les problèmes économiques étaient résolus en fonction des objectifs politiques poursuivis par le gouvernement de l'Azerbaïdjan. Par conséquent, la structure de l'économie du Haut-Karabagh, la distribution de la production et la charge de travail économique ne correspondaient pas aux conditions et au potentiel économiques réels du Karabagh.

Entre 1968 et 1979, le niveau des investissements en capitaux dans la RAHK n’évolua pas de manière significative (entre 24 et 26 millions de roubles par an), alors qu'il doubla en Azerbaïdjan, culminant à 1 820 millions de roubles en 1979 (source : Narodnoe Khozyaystvo Azerbaydjana za 60 let – L’économie nationale de l’Azerbaïdjan pendant 60 ans – Bakou 1980). Plus de la moitié des fonds alloués au Haut-Karabagh furent consacrés à la construction du bassin de retenue de Sarsang. Bien que ce réservoir fût bâti sur un territoire faisant partie du Haut-Karabagh, 13 % seulement de ses terres – soit 130 000 hectares – étaient irriguées par l'eau du réservoir. Pour dissimuler le réel déficit d’investissements, d’importants investissements en capitaux d’une valeur totale de 10 millions de roubles, correspondant en fait à dix ans d’investissements, furent alloués au nom de la région, permettant ainsi à l'Azerbaïdjan de faire croire à un accroissement des investissements au Haut-Karabagh.

La production de vin fut à une époque le secteur le plus développé de l'économie du Haut-Karabagh qui était le premier producteur mondial de raisin par habitant (env. 1 t par habitant). Ce chiffre ne fait référence qu'à la production gouvernementale. Toutefois, seuls 20 à 22 % de la récolte étaient consacrés à la production de vin ; les 78 à 80 % restants étaient envoyés en Azerbaïdjan comme matière première.

La plus grande entreprise industrielle de la RAHK, la Soierie du Karabagh, employait 2 500 personnes. Tout le processus de production de la soie se déroulait sur ce site, à l'exception de la teinture du produit fini. Le tissu était expédié dans la ville azerbaïdjanaise de Cheki, à des centaines de kilomètres de l'usine, pour être teint puis réexpédié ailleurs pour être vendu, ce qui privait le Haut-Karabagh des profits importants générés par l'exportation de la soie.

Le gouvernement de l'Azerbaïdjan n'allouait pratiquement pas de fonds pour le développement des routes à l'intérieur de la région, entravant ainsi davantage le développement économique du Haut-Karabagh. Les communications entre la capitale et les centres régionaux du Haut-Karabagh supposaient de se déplacer à travers des régions éloignées sur des routes mal entretenues.
Le taux moyen annuel de construction immobilière était 2,5 fois inférieur à celui de l'Azerbaïdjan, en dépit du fait qu'entre 1950 et 1960 on ait découvert au Haut-Karabagh neuf gisements de spath, cinq gisements de pyrite de soufre, sept gisements d'amiante, treize gisements de calcaire et de nombreux gisements importants de copal et de marbre. Malgré l'abondance de ces précieuses ressources naturelles, 93 % des matériaux de construction importés au Karabagh provenaient des régions avoisinantes de l'Azerbaïdjan.

Aucune technique de pointe ou consommatrice de main-d’œuvre ne fut introduite au Haut-Karabagh, bien que toutes les conditions nécessaires au développement d'une industrie métallurgique et minière fussent réunies. L'Azerbaïdjan bloquait l'introduction de hautes technologies au Haut-Karabagh pour maintenir le caractère agricole de la région, ce qui se traduisait par une fuite des cerveaux.
Ainsi qu'il en a été fait mention plus haut, le Karabagh servait de source de matières premières pour l'Azerbaïdjan. La région était dépendante de l'extérieur sur le plan économique en raison de sa structure et de ses mécanismes de gestion.

La paralysie calculée du développement économique avait des conséquences sur le bien-être de la population arménienne et devint l'un des principaux facteurs de son émigration. Du fait de cet exode stimulé à dessein, et malgré un taux de natalité élevé, la population arménienne diminua. Alors que les Arméniens représentaient en effet 96 % de la population totale du Haut-Karabagh en 1921, ils n’en représentaient plus que 75 % en 1979. À l’inverse, la population azérie augmenta plusieurs fois au cours de la même période ; cette croissance était soutenue en grande partie par l'afflux de migrants en provenance d'Azerbaïdjan. En 1923 les Azéris représentaient 3 % de la population de la région ; leur nombre passa à 13 % en 1953 pour culminer à 24 % en 1988.
Les ingérences dans la vie spirituelle et culturelle des Arméniens et les atteintes culturelles et nationales à la dignité arménienne constituaient une politique admise en Azerbaïdjan. Dans tous les ouvrages de référence publiés en RSS d'Azerbaïdjan les Azéris étaient présentés comme la population indigène du Haut-Karabagh. Les émissions de radio et de télévision en provenance d'Erevan étaient bannies. Les liens culturels et spirituels avec la RSS d'Arménie étaient coupés.

À partir de 1960, les autorités azerbaïdjanaises fermèrent plusieurs écoles arméniennes. L'histoire de l'Arménie fut supprimée du programme des écoles secondaires et remplacée par l'histoire de l'Azerbaïdjan. La langue officielle de la région autonome n'était pas mentionnée dans la loi azerbaïdjanaise sur la RAHK.

Même les monuments historiques du Haut-Karabagh pâtirent de la politique anti-arménienne. Selon certaines données, le Haut-Karabagh compte au moins 1 700 monuments architecturaux historiques – des églises et des monastères pour la plupart. Or ils ne furent pas inclus dans la liste officielle des monuments protégés par le gouvernement de la RSS d'Azerbaïdjan. En outre, ils furent qualifiés de « dangereux centres religieux du passé » par une commission spéciale de l'Académie des Sciences de la RSS d'Azerbaïdjan.
Beaucoup de ces monuments furent bâtis au Moyen Âge et ont joué un rôle unique dans l'histoire du peuple arménien. Les sources arméniennes et les inscriptions arméniennes gravées sur les murs attestent de l'origine arménienne de ces monuments.

Les autorités azerbaïdjanaises essayèrent d'ignorer les monuments culturels arméniens afin de propager l'idée fallacieuse selon laquelle le Haut-Karabagh n’avait pas été peuplé d'Arméniens avant le XVIIIe siècle. Elles essayèrent aussi d'islamiser le Haut-Karabagh en présentant ces monuments comme étant albaniens. La destruction des monuments arméniens se répandit et fut systématisée à l'époque soviétique. Au seul Haut-Karabagh, des centaines d'églises, de monastères et de cimetières furent bombardés, détruits et rayés de la carte. Des centaines de khatchkars (stèles ornées d'une croix) furent réduits en miettes et utilisés comme matériau de construction. L'habitat des hommes des cavernes dans les grottes de Tstsakatch, Mets Taghlar et Azokh fut endommagé. Le tombeau de Saint Grégoire (Ve siècle) dans le monastère d'Amaras, fut détruit. Le fait qu'à partir de 1930 plus aucune église n’ait été en service au Haut-Karabagh alors que les mosquées comblaient ouvertement les besoins religieux de la population azérie constitue un exemple très net de la politique azerbaïdjanaise de discrimination.

La politique de formation du personnel était également discriminatoire à l'égard du Haut-Karabagh. Ainsi, à Bakou, l'établissement de formation du personnel qualifié de langue arménienne fut fermé. Afin d’élever le niveau de la population des républiques, des quotas spéciaux étaient accordés par les autorités centrales de l'URSS pour permettre la formation des gens dans des établissements d'enseignement supérieur situés dans d'autres villes que la leur. Selon ce programme, la RSS d'Azerbaïdjan se voyait allouer un quota de 850 à 900 étudiants, tandis que le Haut-Karabagh ne recevait pas une seule place. Les autorités azerbaïdjanaises répandaient l'idée erronée selon laquelle ces programmes étaient destinés aux seuls habitants autochtones. L'Azerbaïdjan considérait officiellement la population arménienne de la RAHK comme n’étant pas autochtone et favorisait des conditions insoutenables dans l'espoir de contraindre les Arméniens à quitter la région.

Pour la même raison, les gens qui avaient fait leurs études supérieures en RSS d'Arménie se voyaient refuser un emploi. Par conséquent, beaucoup d'individus prometteurs furent contraints de quitter le Haut-Karabagh où ils ne pouvaient trouver de travail. Pendant ce temps, des Azéris étaient envoyés en nombre au Haut-Karabagh pour travailler au Parti communiste local et dans les secteurs administratif, économique, judiciaire, éducatif, culturel et de la santé. En outre, sous prétexte de construire des entreprises nationales industrielles et d'énergie géantes, des gens étaient recrutés de force en RAHK et délocalisés à Bakou, Soumgaït, Minguetchaour et dans d'autres villes de la RSS d'Azerbaïdjan. (Par la suite, en 1988-1990, ces personnes furent victimes des massacres et des pogroms massifs perpétrés sur le territoire de l'Azerbaïdjan.) Il n'est donc pas surprenant qu'entre 1926 et 1976, le nombre de villes et de villages arméniens ait diminué de 85 %, tandis que le nombre de localités azéries augmentait de 17 % (source : Dostizheniya Nagornogo Karabakha v devyatoy pyatiletke – Les réalisations du Haut-Karabagh au cours du neuvième plan quinquennal – Stépanakert 1979).

Consciente qu'une telle situation pouvait avoir de graves conséquences, la majorité arménienne du Haut-Karabagh fit appel aux autorités centrales en de nombreuses occasions. Elle exigeait l'annulation des décisions anticonstitutionnelles et illégales de 1921 et le réexamen de la possibilité de transférer le Haut-Karabagh de la RSS d'Azerbaïdjan à la RSS d'Arménie. Toutes ces demandes restèrent sans réponse, tandis que l'Azerbaïdjan répliquait par de nouvelles répressions. En réveillant les espoirs des Arméniens de voir triompher la justice historique, l'année 1988 a marqué un tournant dans l'histoire du Haut-Karabagh.